Die Burg Neu-Waxenegg (untere Burg) dürfte um das Jahr 1300 errichtet worden sein. Sie war mit Waxenegg (obere Burg) eine Doppelburg.

Herzog Albrecht verpfändete die Burg 1299 an Ulrich von Walsee. Während der Walseer-Fehde nahm Hans von Stubenberg im Auftrag von Herzog Ernst dem Eisernen 1412 die Burg ein. 1418 erhielt Reinprecht von Walsee Waxenegg als Pfandbesitz zurück. Nach Abzahlung der Schuld übernahm 1450 König Friedrich III die Burg. Waxenegg diente in der Folge immer wieder als Pfandobjekt, so wurde es umgehend an Christof Mörsperger verpfändet. Danach folgten die Grafen Christof von St. Georgen und Pösing (1504), Graf Jörg von Rottal (1514) der seine Ansprüche 1524 an Siegmund von Dietrichstein ab.

1556 erwarb Georg Kleindienst, der Vormund des minderjährigen Adam von Dietrichstein war, die Herrschaft als freies Eigen. Er begann die obere Burg wohnlich auszubauen. Sein Sohn Siegmund setzte ab 1571 die Arbeiten fort. Neu-Waxenegg wurde nun dem Verfall überlassen. 1663 verkaufte Hans Christof Kleindienst Waxenegg an Georg Hans von Webersberg. Als 1723 die Verwaltung in das Freihaus in Anger verlegt wurde, wurde auch Waxenegg kaum mehr bewohnt. 1761 wurde Waxenegg öffentlich versteigert. Es gelangte an Johann Franz Graf Khevenhüller-Metsch, der in seinem Schloss Thannhausen wohnte und die Dächer der Burg Waxenegg abtragen ließ, was ihr Schicksal besiegelte. 1799 kaufte Karl August Fürst Bretzenheim die Herrschaft. Sie wurde 1807 an Ferdinand von Gudenus verkauft, dessen Familie sie auch heute noch besitzt.

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