Die wohl schon bis ins 12. Jahrhundert zurückreichenden beiden Burgen der „Herren von Perneck“, eines bajuwarischen Adelsgeschlechtes, liegen auf dem Bergkamm oberhalb des Schlosses. Eine Burg, wahrscheinlich die „Obere“, war zur Gänze freies Eigen, die Zweite zur Hälfte Lehen des Landesherren. Beide Burgen wurden nach Erbauung des Schlosses (1578 bis 1582) nicht mehr bewohnt. Die „Untere“ wurde wohl zum Großteil als Baumaterial für das Schloss abgetragen.

Als erster Pernegger scheint 1143 Ulrich von Pernegg auf. Er war ein Ministeriale der Markgrafen von Steier. Um 1322 wurde die Burg ausgebaut. Da dabei anschließende Grundstücke von Pfannberg erworben wurden, war Pernegg ab der Mitte des 14. Jahrhunderts zum Großteil freies Eigen.

Zum kleineren Teil war es ein Lehen der Grafen von Pfannberg und später der Montforter. Mit Ursula, seiner Cousine, erlosch 1543 die Familie der Pernegger. Nach ihrem Tod wurde der riesige Besitz aufgeteilt. Da diese mit vielen Adelsfamilien verwandt waren, wurden viele Ansprüche auf das Erbe angemeldet. Die Burg kam an Gallus und Moritz von Racknitz. Sie war zuletzt nur mehr notdürftig instand gehalten worden, so dass sich Gallus 1577 entschloss, oberhalb der Kirche ein neues Schloss zu bauen. Die Burg wurde dem Verfall überlassen bzw. als Baumaterial für das Schloss verwendet. 1629 wurde die Herrschaft an den Freiherrn Hans Thomas von Casinedi verkauft. Die Familie Casinedi blieb bis 1688 im Besitz von Pernegg und verkaufte es dann an den aus Schottland stammenden Grafen Jakob Leslie.

Jakobs Nachkommen besaßen das Gut bis 1802, als mit Anton Reichsgraf von Leslie die österreichische Linie der schottischen Grafen ausstarb. Pernegg ging nun als Erbe an den Reichsgrafen Johann Douglas von Dietrichstein. Danach ging das Gut an August Orou und 1847 an Alois Bock. 1864 erwarb die Fürstin Julie von Öttingen-Wallerstein die Herrschaft Pernegg. 1879 wurde Mathilde Lippitt, geb. Miller zu Aichholz Eigentümerin des Forstgutes. Seit 2006 ist Mag. Maximilian Pongratz-Lippitt über seine Stiftung „Herrschaft Pernegg“ Eigentümer der Ruine.

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