Die Bischöfe des Bistum Freising errichteten um 1020 einen vermutlich hölzernen Wehrbau, der zunächst nur aus einem Turm bestand, an den später Wohn- und Wirtschaftsgebäude angebaut wurden. Als Burggrafen wurden Freisinger Dienstleute eingesetzt, die sich nach Welz nannten. Erst später wurde die Burg Welz bzw. Wölz wegen der rötlichen Farbe des Burgfelsens Rotenvels genannt. Die Welzer waren über 300 Jahre lang als Verwalter tätig.

Erst ab dem 14. Jahrhundert werden auch andere steirischer Familien als Burggrafen genannt. Um die Mitte des 14. Jahrhunderts erfolgte ein Ausbau der 1305 erstmals urkundlich erwähnten Burg. 1413 verlieh der Freisinger Bischof Rothenfels an Reinprecht von Wallsee. Dieser setzte Niklas Baumkircher als Burggrafen ein. Im Zuge einer Fehde der Wallseer gegen den steirischen Landesfürsten Herzog Ernst wurde die Burg durch Hans von Stubenberg überfallen und Niklas Baumkircher verjagt. 1418 erhielt sie Reinprecht Rothenfels wieder zurück. Ab 1425 setzten die Bischöfe wieder eigene Verwalter aus der Familie Welzer ein. 1632 wurde Rothenfels an Martin Jocher verpfändet.

Von 1656 bis 1848 war mit der Burg ein ausgedehntes Landgericht verbunden, das der Freisinger Bischof 1656 vom Landgericht Frauenburg erwarb und Rothenfels angliederte. Nach dem Tod des letzten Pfandinhabers Adam Jocher fiel die Herrschaft wieder an das Bistum zurück, das neuerlich Pfleger einsetzte. Als letzter Burgpfleger amtierte Franz X. Straberger von 1770 bis 1800. Im Zuge der Säkularisierung wurde Rothenfels 1803 vom Staat eingezogen und 1823 versteigert. Auf den neuen Burgherren Eduard Triegler folgten mehrere Besitzer, so 1938 der Holzhändler Morosutti und dann die Firma Weinzinger aus Wien. Seit 1965 ist die Burg im Besitz der Familie Steiner, die neben der Forstwirtschaft unterhalb der Burg einen Campingplatz und zwei Badeseen betreibt. In der Burg Rothenfels können Ferienwohnungen und im Sommer einzelne Zimmer gemietet werden.

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