Vermutlich wurde der erste Wehrbau bereits im 10. Jahrhundert erbaut. 1174 scheint der Name "Wazerperc" erstmals urkundlich auf. Nachdem die Bischöfe zuerst eigene Dienstmannen mit der Verwaltung der Herrschaft betraut hatten, schenkten sie diese 1218 dem von ihnen gegründeten Bistum Seckau.

1261 scheint als Burggraf Otto von Wasserberg auf. Er gehörte der Familie Galler an. Bischof Wernhart unterstützte König Ottokar II und öffnete ihm auch seine neu erbaute Burg Wasserberg. 1276 konnte Dietmar aus der Geul die böhmischen Truppen vertreiben. König Rudolf I gab die Burg anschließend dem Bischof von Seckau zurück. Die nun wieder vom Bistum eingesetzten Burggrafen gehörten mehrheitlich der Familie Galler an.

1479 übergab Bischof Christof die Burg den ungarischen Truppen des Mathias Corvinus. Dem kaiserlichen Feldhauptmann Andreas Lueger gelang es aber bereits im nächsten Jahr, Wasserberg wieder den Ungarn abzunehmen. Christofs Nachfolger, Bischof Matthias Scheidt, stand zwar wieder auf der Seite des Kaisers, doch wollte ihm Lueger die Burg nicht übergeben. Erst als er von Friedrich III den Befehl zum Abzug erhielt, konnte das Bistum die Herrschaft wieder antreten. Noch im 15. Jahrhundert wurde die Burg zum Schloss ausgebaut. Gleichzeitig wurden die Wehreinrichtungen verbessert.

Die hohen Türkensteuern brachten es mit sich, dass Bischof Petrus 1555 Schloss und Herrschaft an Christof Haymer verpfändete. Nach der Rücklösung wurde Wasserberg 1565 an Zacharias Gabelkhoven verpachtet. Ab 1590 bewirtschaftete das Bistum die Herrschaft wieder selbst. Unter den Pflegern befanden sich zahlreiche steirische Adelige, wie Hans Jakob von Gabelkhoven (1610 – 1630), Andreas Christof von Rindsmaul (1666 – 1671) und Franz Kammerlander (1690 – 1700). Zwischen 1739 und 1744 fanden umfangreiche Restaurierungs- und Ausbauarbeiten statt. 1844 verkaufte der Seckauer Bischof Wasserberg an Maximilian Sessler. Er ließ dem Schloss ein zweites Obergeschoß aufsetzen. Danach wechselten die Besitzer recht häufig.

Von 1913 bis 1939 gehörte Wasserberg dem niederösterreichischen Zisterzienserstift Heiligenkreuz. Nach dem Anschluss Österreichs an Deutschland wurde das Stift enteignet und das Schloss der Reichsforstverwaltung übergeben. Zwischen 1945 und 1950 wurde es vom Land Steiermark treuhänderisch verwaltet und dann seinen rechtmäßigen Besitzern wieder übergeben. Das Stift richtete im Gebäude Wohnungen und Kanzleien ein.

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