Es wird vermutet, dass sich an der Stelle der heutigen Burgruine bereits im 9. Jahrhundert eine alte Fluchtburg befunden hat. Im 12. Jahrhundert errichtete eine ritterliche Familie, die sich „von Werses“ nannte, einen Turm, der bald zu einer kleinen Burg erweitert wurde.

1186 wird sie bereits als "Wolchinstein" bezeichnet. Hier saß damals Ulrich von Wolkenstein. Die Burg gehörte aber den steirischen Landesfürsten, die ihre Ministerialen mit ihr belehnten. Nach dem Tod des letzten Babenbergers, Friedrichs des Streitbaren, setzte sich hier der Salzburger Erzbischof Philipp von Sponheim fest. Im Krieg Herzogs Albrecht I gegen Salzburg kam Wolkenstein wieder an den Landesfürsten und wurde danach von Burggrafen und Pflegern verwaltet.

Erster Pfleger war Jakob vom Turm, ein ehemaliger Salzburger Ministeriale. Im 13. Jahrhundert wurde Wolkenstein auch Sitz des Landgerichtes Ennstal. Erst 1754 wurde dieses in das bequemere Schloss Friedstein verlegt. Im 15. und 16. Jahrhundert diente die Herrschaft Wolkenstein häufig als Pfandobjekt. Von 1524 bis 1592 waren die Freiherren von Hofmann im Besitz der Burg, die große Summen in ihren Ausbau investierten. 1592 gehörte die Herrschaft dem Stift Admont. Nachdem sie durch mehrere Hände gegangen war, erwarb sie 1622 Polykarp Scheidt, Freiherr von Hohenburg als freies Eigen.

Von 1630 bis 1817 gehörte Wolkenstein den Grafen Saurau. Diese wohnten jedoch nicht hier, so dass ab 1680 der Verfall einsetzte. Die berüchtigte „Dachsteuer“ machte Wolkenstein um 1750 endgültig zur Ruine. Auf die Saurau folgten die Grafen von Goess. 1902 konnte die Abtragung der Ruine verhindert werden. Seit 1952 kümmert sich ein örtlicher Burgverein um die Sicherung und Pflege der Anlage.

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