Die Herren von Freundsberg erbauten 1360 einen zweigeschossigen Wohnturm, der einfach „stayn“ genannt wurde. Er diente der Überwachung der Hauptstraße durch das Inntal, die bis ins 16. Jahrhundert hinein an der Burg vorbeiführte.1379 verkaufte Hans von Freundsberg Herrschaft, Gericht und Zollstätte an den Herzog von Bayern. Nach der Verlegung der Straße auf das rechte Innufer und dem Aufkommen der Artillerie, verlor die Burg weitgehend ihre strategische Bedeutung. Als 1448 Herzog Heinrich von Niederbayern den Besitz an seinen Pfleger Hans Ebbser verkaufte, wurde die „Hofmark zu Stein“ wieder österreichisch. Die Herren von Ebbs ließen den Turm um zwei Stockwerke erhöhen und stifteten eine Madonnenfigur mit dem Jesuskind.
Im 16. Jahrhundert wechselten sich mehrere Familien im Besitz der Herrschaft ab. 1558 war sie im Besitz von Georg Ilsung aus Augsburg. Einer alten Legende nach, soll Friedrich Ilsung die schon lange verehrte Marienstatue aus Lindenholz nach Augsburg mitgenommen haben. Die Statue soll aber von Engeln zweimal in die Burg zurückgebracht worden sein. Als dies bekannt wurde, zogen bald Scharen von Pilgern zum wundertätigen Marienbild in die Burg. 1587 gelangte diese in den Besitz von Karl Freiherr von SchurffI. Er wurde zum größten Förderer der Wallfahrt. Unter der Familie Schurff, die die Burg bis 1688 besaß, wurde diese so umgestaltet, wie sie sich heute zeigt. Damals erhielt sie auch ihren jetzigen Namen.
Auf die Schurff folgten die mit ihnen verwandten Grafen Stachelburg, dann 1747 Simon Felix von Crosina und von 1773 bis 1835 die Südtiroler Grafen Klotz. Nun kam Mariastein an das Erzbistum Salzburg, bei dem es bis heute verblieb. Zwischen 1959 und 1966 wurde die Burg grundlegend restauriert.
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