Otto und Ulrich von Schrofenstein sind die ersten Mitglieder ihrer Familie, die uns namentlich bekannt sind. Sie scheinen 1228 erstmals urkundlich auf. Ein Festes Haus dürfte aber bereits gegen Ende des 12. Jahrhunderts bestanden haben. Die Burg unterstand von 1380 bis 1806 der Lehenshoheit des Bischofs von Chur. Die Schrofensteiner waren zuerst Ministeriale der Bischöfe von Chur, traten aber bereits in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts als solche der Grafen von Görz-Tirol auf. Die Burg war von 1254 bis 1282 Gerichtssitz. Im ersten Viertel des 14. Jahrhunderts wurde die Familie in eine Fehde verwickelt, was zu einer Belagerung ihrer Burg führte, die dabei schwere Schäden erlitt.

Zu einer weiteren Beschädigung der Burg kam es wohl, als die Appenzeller 1406 im Inntal gegen Innsbruck vorrückten. Die Familie starb 1546 mit Georg Philipp von Schrofenstein aus. Die Burg war aber schon zu Beginn des 16. Jahrhunderts von den Eigentümern verlassen worden und wurde nur mehr von Pflegern verwaltet. Der Churer Bischof verlieh die Herrschaft an den mit den Schrofensteinern verwandten Hans Trautson, der jedoch in die Erhaltung des Baues nichts mehr investierte. Nach dem Aussterben der Trautson fiel die mittlerweile zur Halbruine gewordene Burg 1775 an die Fürsten Auersperg. 1810 ging Schrofenstein in bäuerliche Hände über. Nachdem alles Brauchbare entfernt worden war, stürzte 1846 die Ostfront zusammen.

1851 erwarb der Statthalter von Oberösterreich, Dr. Alois Fischer, die Anlage. Nach einem wenig erfolgreichen Restaurierungsversuch vermachte er sie 1880 der Familie Auersperg. Diese begann 1908 mit dringend erforderlichen Sicherungsarbeiten. 1943 erbte Joseph Karl Graf Trauttmansdorff die Ruine. Er schenkte sie drei Jahre später dem bekannten Tiroler Burgenforscher Propst Josef Weingartner und seinem Freund Baurat Dipl. Ing. Karl Innerebner. Beiden gelang es, den Turm vor dem endgültigen Verfall zu bewahren und sogar teilweise wieder bewohnbar zu machen. Schrofenstein befindet sich heute im Besitz der Erben nach Karl Innerebner.

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