Vermutlich war es der böhmische König Ottokar II, der um 1275 in Wien die erste Stadtburg errichtete. Der Grund für ihre Erbauung lag in seinem mangelnden Vertrauen in die Treue des österreichischen Adels. Außerdem musste er bereits mit einem Angriff König Rudolfs von Habsburg rechnen, der 1276 auch erfolgte.
Da seine Vorgänger in Wien bereits einen Stützpunkt hatten, von dem man aber nicht weiß, wo er sich befand, ist nicht eindeutig feststellbar, ob Ottokar nur einen Ausbau vornahm oder einen Neubau errichtete. 1278 wird die Burg erstmals urkundlich erwähnt. Sie ist im heutigen Schweizertrakt der Hofburg nachweisbar. Nur die vier Ecktürme, der größte Teil des Burggrabens und die Zugbrücke mussten im Laufe der Zeit den Neuerungen weichen.
1309 kam es zu einer Verschwörung gegen Friedrich I. Eine Gruppe Aufständischer wollte in Abwesenheit des Herzogs die Burg einnehmen. Der Hubmeister von Österreich erfuhr jedoch von diesem Plan, bemächtigte sich der Hofburg und ließ ihre Tore und Türme besetzen. Damit war der Aufstandsversuch gescheitert. 1331 wurde der Dachstuhl der Burg erneuert. 1451 besetzten die Wiener die Hofburg. Nach dem frühen Tod des Ladislaus Posthumus, kam es zwischen Kaiser Friedrich III, seinem Bruder Albrecht VI und Herzog Sigmund von Tirol zu einer Aufteilung der Hofburg. Der Kaiser kaufte jedoch die Anteile der beiden Rivalen wieder auf. In den folgenden Kämpfen zwischen Friedrich und seinem Bruder hielt die Stadt Wien zu Herzog Albrecht VI. 1462 belagerten die Wiener Friedrich III in der Burg, wobei diese erheblich beschädigt wurde. 1485 zog der ungarische König Matthias Corvinus nach fast zweijähriger Belagerung in die Hofburg ein. Nachdem er 1490 in der Hofburg verstorben war, besetzte König Maximilian I die Stadt und belagerte die Burg. Nach 14 Tagen musste sich die ungarische Besatzung ergeben.
Ein verheerender Stadtbrand erfasste 1525 auch Teile der Burg, die dabei schwer beschädigt wurde. Während der ersten Türkenbelagerung Wiens im Jahr 1526 konnten Versuche der Osmanen, unter der Burg Minengänge vorzutreiben und den Bau dadurch zu sprengen, in letzter Minute verhindert werden. Nach der Vertreibung der Türken ließ Kaiser Ferdinand I die schweren Schäden an der Burg beseitigen und die Residenz repräsentativ ausstatten. 1553 wurde die Hofwasserleitung, die erste ihrer Art in Wien, in die Hofburg gelegt. Kaiser Ferdinand I ließ das Widmertor abreißen und an seiner Stelle ein dreistöckiges sechsachsiges Gebäude errichten. Mit dem von Ferdinands Nachfolgern begonnenen Ausbau der Hofburg, verlagerte sich das höfische Leben in die neu geschaffenen Trakte.
Die Wiener Hofburg war über 600 Jahre lang Residenz der der österreichischen Landesfürsten und entwickelte sich zu einem im Laufe von Jahrhunderten gewachsenen Zentrum der europäischen Geschichte. Von hier aus regierten die Habsburger seit dem 13. Jahrhundert zunächst als österreichische Landesherren, ab 1452 als Kaiser des Heiligen Römischen Reiches und schließlich ab 1806 als österreichische Kaiser bis zum Ende der Monarchie 1918. Die alte Burg (der Schweizerhof) hat ihre ursprüngliche Form, eine beinahe quadratische vierflügelige Anlage, bis heute beibehalten. Lediglich die vier Türme wurden bis 1753 abgetragen. Sogar Teile des alten Wassergrabens sind noch im Inneren Burghof, aber auch hinter der Schatzkammer, zu sehen.
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