Kaiser Barbarossa schenkte 1162 einem Konrad de Prato ein Gut, das sich zwischen Schwechat und der Donau befand. Auf diesem Areal wurde eine wehrhafte Burg errichtet. Konrad von Hintberg dürfte 1243 Ebersdorf zu seinem ständigen Wohnsitz gemacht haben, wo sich schon zuvor ein, von seinen Vorfahren errichtetes „vestes Haus“ befunden haben dürfte.

Konrad wurde Stammvater eines einflussreichen Ministerialengeschlechtes, das als die Herren von Ebersdorf bekannt ist. Die erste gesicherte Erwähnung der Burg stammt von 1252. Frühere Nennungen können nicht lokalisiert werden, da es damals verschiedene Orte namens Ebersdorf gab. 1485 wurde Ebersdorf von den Truppen des Matthias Corvinus belagert und eingenommen.

1499 entschädigte Kaiser Maximilian I, Veit II von Ebersdorf für die Übernahme seiner Burg mit der Herrschaft Ernstbrunn. Er ließ anschließend das Gebäude zu einem Jagd- und Lustschloss umbauen und übergab es seinem Hofjägermeister zur Verwaltung. Nach den Zerstörungen des Türkenjahres 1529 musste das Schloss erst wieder bewohnbar gemacht werden. Auch ein Vorwerk und ein Wassergraben wurden neu angelegt. Danach wurde es zeitweise verpfändet. Seine glanzvollste Zeit erlebte das Schloss unter Maximilian II. Er ließ um 1550 die erste kaiserliche Menagerie in Ebersdorf einrichten.

Kaiser Rudolf II bevorzugte in Simmering sein neues Prunkschloss und ließ um 1607 die Menagerie dorthin verlegen. Als der böhmische Rebellenführer Graf Thurn 1619 gegen Wien zog, diente ihm das Ebersdorfer Schloss als Hauptquartier für seine Aktionen gegen Kaiser Ferdinand II. Bei den häufigen Umbauten wurde in erster Linie die Wohnqualität ständig erhöht, während die vorhandenen Befestigungen kaum verbessert wurden. Dies rächte sich bei der zweiten Türkenbelagerung Wiens, als das Schloss neuerlich niedergebrannt wurde. Nach den Zerstörungen des Jahres 1683 erfolgte der Wiederaufbau unter Kaiser Leopold I.

Trotz der großzügigen Umbauten verloren die Habsburger bald das Interesse an Ebersdorf. Kaiserin Maria Theresia schenkte das Schloss 1745 Weihbischof Dr. Anton von Marxer. Dieser richtete darin ein Armen- und Waisenhaus ein. Josef II degradierte es zur Artilleriekaserne. In den Feldzügen 1792 und 1809 diente es vorübergehend als Feldspital. Später wurde es sogar als Salpeterfabrik benützt. Bis 1918 war es als Artilleriekaserne und dann als Monturdepot in Verwendung. Ab 1921 war eine Besserungsanstalt im Schloss untergebracht. In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts erhielt es seine letzte Bestimmung als Strafvollzugsanstalt Wien-Simmering

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