Die Geburtsstunde der Stadt ist in der Babenbergerzeit anzusetzen. Erste urkundliche Nennungen von "Egenburch" bzw. "Egenenburg" erfolgten um das Jahr 1140. Der Ausbau der damaligen Burgstadt wurde mit dem Bau der Kirche um 1180 abgeschlossen.

Rudolf von Habsburg erneuerte 1277 der Stadt die Stadtrechte, welche sicher schon Jahrzehnte vorher bestanden haben. Die Stadtmauern wurden Ende des 13. Jahrhunderts erbaut und um 1400 fertiggestellt. Die Türme kamen im 15. Jahrhundert hinzu. Eggenburg galt damals als die als die am besten befestigte Stadt im Lande. Die Bedeutung von Eggenburg ist auch darin zu ersehen, dass Herzog Albrecht V in Eggenburg zum Landesherren ausgerufen wurde.

Mitte des 16. Jahrhunderts blühte Eggenburg auf. Adel, Rat und Bürger wetteiferten in der Ausgestaltung der Stadt. Unter dem Bürgermeister Friedrich Eckstein wurde auch an der Verbesserung der Stadtmauer gearbeitet. Die Tortürme wurden zu geschlossenen Tortürmen umgebaut und mit Fallgittern versehen, das Egentor erhielt einen Anbau zur Lagerung von Schießpulver, eine Pulverstampfe wurde am Egenteich errichtet. Erst 1675 wurde der Mauerschluss zwischen Kirche und Burg geschaffen, worauf der außen an der Mauer sichtbare Stein mit Stadtwappen hinweist.

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