Die erste urkundliche Erwähnung Horns erfolgte bereits um die Mitte des 11. Jahrhunderts. Damals schenkte ein Graf Gerold dem Bischof Egilbert von Passau eine Eigenkirche, die er auf seinem Gut Hornarum erbauen lassen hatte. Die Gegend um Horn gehörte zum Herrschaftsbereich der Grafen von Poigen-Rebgau.

Um die Mitte des 12. Jahrhunderts nannten sich landesfürstliche Ministeriale nach Horn. Nach dem Aussterben der Grafen von Poigen zu Beginn des 13. Jahrhunderts fiel die Stadt an den Babenbergerherzog Leopold VI, wurde aber umgehend als Lehen vergeben. Unter den Maissauern, die von 1246 bis in das späte Mittelalter Horn als landesfürstliches Lehen besaßen, erfolgte in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts ein planmäßiger Ausbau der Stadt.

Wo die Maissauer ihren regionalen Sitz in Horn hatten, ist nicht bekannt, doch muss es bereits einen Wehrbau in der Stadt gegeben haben. Erst im ersten Viertel des 14. Jahrhunderts wird von Bauarbeiten an der Stelle des heutigen Schlosses berichtet, wo vermutlich ein Vorläufer entstand. Der wehrhafte Bau sollte nicht nur als Stadtresidenz der Maissauer dienen, sondern auch die südöstliche Ecke der ummauerten Stadt sichern. Durch Erbschaft kam Horn nach dem Aussterben der Maissauer 1440 an die Herren von Puchheim, die es 1461 kurzeitig an Viktorin von Podiebrad abtreten mussten. Danach kamen die Ungarn unter Matthias Corvinus und blieben fast zehn Jahre lang. Erst nach dem Tod von Matthias Corvinus 1490 erfolgte die Übergabe der Stadt an Kaiser Maximilian I.

Wegen ihrer angeblichen Zusammenarbeit mit den Ungarn wurden die Puchheimer vorübergehend teilweise enteignet. 1493 konnten sie aber ihren Besitz wieder übernehmen. Nach einer Erbteilung nahm der Horn-Wildberger Zweig der Familie 1512 seinen ständigen Wohnsitz in der Burg. Um den Wohnkomfort zu verbessern erfolgten größere Umbauten, die um 1539 zu einer gründlichen Neugestaltung der Burg führten. Gegen Ende des 16. Jahrhunderts war der Umbau der mittelalterlichen Burg in ein wehrhaftes Schloss weitgehend vollendet. Die Herrschaft Horn war im 16. sowie in den ersten zwei Jahrzehnten des 17. Jahrhunderts ein Zentrum des Protestantismus in Niederösterreich. Im auf den Prager Fenstersturz folgenden Aufstand des böhmischen Adels verbündete sich der Horner Bund mit den Böhmen und wählte Friedrich von der Pfalz zum König.

1620 war die Erhebung, die zum Dreißigjährigen Krieg führte, in Horn vorbei. Stadt und Schloss wurden von kaiserlichen Truppen unter Karl Bonaventura Graf Bouquoy besetzt. Dabei wurde das Schloss völlig ausgeplündert. Reichart von Puchheim verlor seine Besitzungen. Horn kam 1620 als Lehen an den kaiserlichen Rat Vinzenz von Muschinger, 1628 folgte ihm sein Schwiegersohn Ferdinand Freiherr von Kurz nach. Er starb 1659 und wurde ebenfalls von Ferdinand Maximilian Graf Sprinzenstein, als Herrschaftsinhaber von Horn abgelöst. Seine Tochter Maria Regina hatte aber Leopold Karl Graf Hoyos geheiratet und sowohl Horn als auch die Rosenburg in die Ehe mitbrachte. Die Grafen nennen sich seit 1831 Hoyos-Sprinzenstein und sind noch heute die Schlossherren von Horn.

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