1140 scheint erstmals ein "Rapot von Walchoneschirchen" als Zeuge in einer Urkunde auf. Die Herren von Walterskirchen waren Gefolgsleute der Edelfreien von Asparn. Nach deren Aussterben wurden sie Ministeriale der Landesfürsten. 1217 kam die Lehenshoheit an das Domkapitel von Passau. Bald danach war es bereits ein landesfürstliches Lehen, das an Otto von Walterskirchen vergeben wurde. 1332 gelangte Walterskirchen als Pfand an die Brüder Heinrich und Leutold von Hagenberg. 1377 wurde die Pfandschaft an Ladislaus Hering vergeben, der sie zwanzig Jahre später als Lehen erhielt. 1423 und 1455 werden die Dechsner als Lehensträger erwähnt.

Im späteren 15. Jahrhundert zerstörten Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvinus die Burg. Kaiser Friedrich III verlieh die Teilruine 1480 an Andreas Stockhorner. Dieser dürfte die Burg wieder aufgebaut haben. 1501 trat er sie seinem auf Staatz sitzenden Vetter Andre ab. Im 16. Jahrhundert saßen hier die Familie von Lembach, Oswald von Eitzing, Erasmus Spanovsky und ab 1577 Eustach von Althan. 1655 wurde Walterskirchen freies Eigen. Es folgten die Familien Gera und Weißenwolf. Im 30-jährigen Krieg wurde die Burg 1645 niedergebrannt. 1666 übernahm Ferdinand Freiherr von Hohenfeld die Herrschaft. Sein Sohn ließ das heutige Schloss errichten. 1733 erwarben die Grafen Kohary das Gut.

1826 gelangte Walterskirchen durch Heirat an die Herzöge von Sachsen-Coburg-Gotha. Das Schloss befindet sich auch heute noch im Besitz dieser Familie.

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