Das Kloster wurde 1141 durch Otto von Machland und seiner Gemahlin Jeuta von Peilstein gestiftet. Die allerersten Mönche kamen aus der zisterziensischen Primarabtei Morimond, doch wurde die Gründung zwischen 1154 und 1188 der Zisterzienserabtei Heiligenkreuz unterstellt, und blieb somit in der Filiation von Morimond.

1243 erfolgte die Weihe der Abteikirche, die im spätromanischen Baustil errichtet worden war. 1426 und 1432 wurden Kirche und Kloster durch die Hussiten gebrandschatzt, aber schon ab 1434 erfolgte der Wiederaufbau von Kirche und Kloster im spätgotischen Stil. Abt Bernhard Breil (1649 bis 1683) leitete die Barockisierung des Klosters und der Kirche ein.

Abt Candidus Pfiffer (1684 bis 1718) setzte die Barockisierung fort, stellte die Arbeiten aber um 1700 auf Grund finanzieller Schwierigkeiten ein. 1784 wurde das Kloster durch Kaiser Joseph II aufgehoben, und bis 1811 als Strafanstalt genutzt. Mit Die Klosterkirche wurde zur Pfarrkirche von Baumgartenberg. 1825 vernichtete ein Brand den Großteil des Konventtraktes. Von 1852 bis 1865 bewohnten Jesuiten das ehemalige Zisterzienserstift. 1865 kamen Mitglieder des Ordens der Schwestern vom Guten Hirten von Suben dorthin. Sie widmeten sich der Betreuung von schwererziehbaren Mädchen. Mit den Schwestern vom Guten Hirten kamen auch Franziskaner als ihre Beichtväter nach Baumgartenberg. Im Sommer 2008 wurde diese Franziskanerniederlassung aufgelassen. Heute betreiben die Schwestern ein Mädcheninternat und verschiedene Bildungseinrichtungen, seit 1995 ist auch das vom gleichnamigen Schulverein betriebene Europagymnasium vom Guten Hirten in der Klosteranlage untergebracht.

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