Die einst große Wasserburg dürfte im 13. Jahrhundert erbaut worden. Urkundlich erwähnt wird ein "Chunradus de Nithartinge" erstmals im Jahre 1200. Eine weitere Urkunde mit diesem Namen stammt aus dem Jahre 1230. Daher ist er auch als der Erbauer der Burg anzusehen.

1243 werden ein Walchun und 1260 wieder ein "Chunrad de Nitharting" erwähnt. Im Jahre 1356 ist ein Koloman Mühlwanger der Besitzer von Neydharting. Vermutlich ist der Besitz als Heiratsgut an die Mühlwanger gelangt. 1486 kaufte Kaiser Friedrich III Neydharting von den Mühlwangern. Sein Sohn Maximilian I gab die Burg im gleichen Jahr an Christoph Jörger zum Lehen. Auf die Jörger folgten 1563 die Freiherren von Landau und 1636 die Grafen Preuner.

Graf Siegfried Leonhard Preuner verkaufte die Burg 1651 an Konrad Balthasar von Starhemberg. Dieser legte Neydharting mit seinen Besitz Wimsbach verwaltungsmäßig zusammen. Da die Verwaltung im Schloss Wimsbach angesiedelt war, wurde die Burg Neydharting in der Folge dem Verfall preisgegeben. 1813 unterhielt Napoleon hier ein Feldlager. In den Resten der Wasserburg war noch eine Tuchfabrik untergebracht, ehe sie immer mehr verfiel und als Steinbruch genützt wurde. Heute erinnert nur noch ein Turmrest, angebaut an ein kleines Häuschen, an die ehemalige Wasserburg.

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