Erstmals wird Partenstein 1262 erwähnt, als der Passauer Bischof Otto von Lonsdorf den Besitz zur Heiratsausstattung der Kunigunde von Goldeck mit Pilgrim von Tannberg verpfändet. Die Herrschaft Partenstein gehörte damals zum Hochstift Passau.

Danach kam die Burg als Pfand an die Familie Harrach. Als passauischer Pfleger folgte 1372 Peter Urleinsberger. Um 1400 wurde Partenstein an Engelbert Gruber, einem Schwager der Harracher, verpfändet, aber von Bischof Georg von Hohenlohe 1421 wieder eingelöst. Danach wurde die Herrschaft wieder durch Pfleger bzw. Burggrafen verwaltet, und zwar von 1443 bis 1453 durch Jörg dem Schenk und um 1480 durch Hans Steininger. 

1489 wurde die Burg von Bischof Friedrich von Öttingen dem Oswald Hasler als Leibgedinge übergegeben, danach fiel sie wieder an Passau zurück. 1529 wurden alle bischöflichen Verwaltungen nach Marsbach verlegt. Die kleineren Verwaltungen wurden aufgegeben, so auch Partenstein. Bis 1556 wohnte noch ein Kraxenmacher auf Partenstein. Wie auf dem Stich von Vischer aus dem Jahr 1674 zu sehen ist, war Partenstein bereits damals zu einer Ruine geworden. 1677 wurde im noch bestehenden Teil der Burg eine "Herberg im Schloss" urkundlich erwähnt. Um 1789 wurde während und nach dem Bau einer Schwemme für den unter der Burg verlaufenden Schwemmkanal in den Resten der Burg ein Wirtshaus ("Schlößlwirt") eingerichtet.

1919 erwarb die Oberösterreichische Kraftwerke AG die Ruine mit den umliegenden Gründen. Der Betriebsleiter des Kraftwerks, Herr Schlögl, richtete im Schlösschen 1957 ein kleines Heimatmuseum ein. Heute ist die Anlage in Privatbesitz und kann nicht mehr besichtigt werden.

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