Die Welser Burg wurde bereits 776 zum Schutz gegen die Awaren durch den Hochfreien Machelm als Volksburg errichtet. 885 wird Wels als "curtis regia"“, also als königliche Hofburg, bezeichnet und war karolingischer Besitz.

Um 1000 wird Graf Arnold von Wels urkundlich erwähnt. Er gehörte zu den Traungauer Grafen, die auch als Grafen von Wels und Lambach bekannt sind. Nach ihrem Aussterben erbten die Grafen von Formbach die Burg. 1158 vermachte Ekbert von Formbach seinen Besitz in Wels dem Markgrafen Otakar III von Steyr. Auf Grund der Georgenberger Handfeste erbten die Babenberger 1186 den steirischen Besitz. Herzog Leopold VI erwarb um 1220 Teile der Herrschaft vom Hochstift Würzburg, die nach 1090 in dessen Besitz gekommen waren.

In die erste Hälfte des 13. Jahrhunderts wurde die Stadtbefestigung von Wels errichtet in der auch die Burg eingebunden wurde. Bis in das 17. Jahrhundert hinein blieb die Welser Burg landesfürstlich und wurde, wenn sie nicht gerade verpfändet war, von Vögten verwaltet. 1362 kam die Herrschaft als Pfandbesitz an Eberhard von Wallsee. Erst um 1454 wurde sie wieder ausgelöst und von Pflegern verwaltet. In den 60er Jahren des 15. Jahrhunderts wurde Wels an Weikhart von Polheim verpfändet. Kaiser Maximilian I baute die Burg in den Jahren 1504 bis 1514 im spätgotischen Stil aus. Auch in den folgenden Jahrhunderten wurde an der Burg ständig an- und umgebaut. 1550 traten die Polheimer die Pfandschaft an Hans Hofmann von Grünbühel ab.

Von 1598 bis 1623 war Wels an die Familie Weiss von Würting verpfändet. Kaiser Ferdinand III löste die Pfandschaft auf und übergab die Herrschaft seinem Sohn König Ferdinand IV. Dieser schenkte sie 1654 Johann Weikhard Fürst Auersperg. Bei den Auerspergern verblieb die Burg bis 1865, danach kaufte sie Ludwig Hinterschweiger. 1900 ging die Burg an die Familie Blaimschein über. Seit 1937 gehört das restaurierte Gebäude der Stadt Wels und dient vor allem kulturellen Zwecken.

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