Bereits nach 1182 wird ein "Diether von Bruzendorf" urkundlich genannt. 1288 tritt ein "Heinrich Procendorfer" im Gefolge der Herrn von Winkl in Erscheinung. 1303 gehört "Rudger Pruzendorfarius" zur Klientel der Kuenringer. Bis zum Ende des 14. Jahrhunderts werden die "Pruczendorffer" urkundlich genannt. 1549 wird Gebhard Welzer als Besitzer der Herrschaft Prutzendorf erwähnt. 1730 verkauften die Grafen von Saint Julien-Wallsee Prutzendorf sowie die Grafschaft Hardegg und die Herrschaften Riegersburg, Ober- und Untermixnitz samt allen Zugehörigkeiten an Sigmund Friedrich von Khevenhüller. 1757 ist Johann Joseph Graf Khevenhüller-Metsch Inhaber der Herrschaft.

Der Sitz von Prutzendorf ist heute abgekommen. Das noch bei Vischer dargestellte Schloss, welches sich im Stich von 1672 als zweigeschossiger Mehrflügelbau mit Hauptturm und zumindest einem Eckrondell präsentiert, soll sich nach Dehio im Süden des Dorfes befunden haben. Im heute überwiegend überbauten Areal haben sich neben der ehemaligen Schlosskapelle noch Reste der Schlossgartenmauer erhalten.

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